اولین خبربازداشت موسویان از طریق روزنامه اعتماد و در ستون پیدا و پنهان به چاپ رسید و در آن اتهام عضو ارشد تیم مذاکره کننده مشخص نشده بود.
نخستین اتهامی که از سوی برخی محافل غیررسمی به موسویان نسبت داده شد، ارتباط با عوامل خارجی و تبادل اطلاعات با آنها بود.
روزجمعه چهارم اردیبهشت ماه سال گذشته یکی از خبرگزاری های داخلی به نقل از یک منبع موثق اتهام موسویان را جاسوسی در مورد مسایل هسته ای عنوان کرد.
دادستان پایتخت خبر دستگیری موسویان را روز شنبه 15 اردیبهشت تایید کرد. وی از اظهارنظر در مورد اتهامات موسویان امتناع و آن را به انجام تحقیقات نهایی و صدور رای قطعی موکول کرد.
روز یکشنبه 16 اردیبهشت وزیراطلاعات بنا به درخواست کمیسیون امنیت ملی مجلس برای توضیح درخصوص پرونده موسویان درمجلس حاضر شد که پس از آن کاظم جلالی سخنگوی کمیسیون امنیت ملی مجلس در جمع خبرنگاران گفت: در جلسه امروز این کمیسیون بحث مفصلی در باره دستگیری موسویان انجام شد و اعضای کمیسیون نقطه نظرات خود را مطرح کردند و با توجه به اینکه باید اطلاعات شفاف تر و دقیق تر در اختیار کمیسیون قرار گیرد از وزیر اطلاعات خواسته شد تا برای ادای توضیحات در جلسه روز سه شنبه کمیسیون حضوریابد.
از روز هشتم بازداشت عضو ارشد تیم مذاکره کننده اخبار ضد و نقیضی در مورد آزادی و یا ادامه بازداشت آن اعلام شد تا اینکه سخنگوی قوه قضاییه خبر آزادی وی را روز چهارشنبه 19 اردیبهشت داد و موسویان در آن روز با تودیع وثیقه 200 میلیون تومانی آزاد شد.
پرونده روال قانونی خود را طی می کرد تا در روز سه شنبه ششم آذر ماه سخنگوی قوه قضاییه در نشست مطبوعاتی خود از بی گناهی موسویان در اتهام جاسوسی و نگهداری اسناد محرمانه خبر داد ولی در مورد اتهام تبلیغ علیه نظام از سوی قاضی گناهکار شناخته شده است.
پس از اعلام نظر قاضی رسیدگی کننده به پرونده موسویان از سوی سخنگوی دستگاه قضایی، موتضوی دادستان پایتخت قرار منع تعقیب را نقض و تحقیقات انجام گرفته در باره اتهام موسویان را از سوی بازپرس پرونده کافی ندانست و ضمن مخالفت با صدور قرار منع تعقیب، درخواست پیگیری و تحقیقات بیشتر در این پرونده را کرد.
فردای آن روز در حاشیه جلسه هیات دولت، خبرنگاران از وزیر اطلاعات درمورد اظهارات سخنگوی قوه قضاییه پیرامون بی گناهی موسویان از اتهام جاسوسی سوال کردند که وی در پاسخ گفت: وزارت اطلاعات نظرات خود را در مورد پرونده موسویان در قالب اعتراض به قوه قضاییه ارایه خواهد کرد.
محسنی اژه ای اعلام کرد: وزارت اطلاعات بر اساس وظیفه ذاتی و ماموریتی خود موظف است همه اقدامات علیه امنیت کشور و آنچه مربوط به توطئه ها و افراد جاسوس است را شناسایی و مقابله کرده و متخلفین را به دستگاه قضایی معرفی کند.
وی درخصوص پرونده حسین موسویان گفت: وزارت اطلاعات کاردقیق و کارشناسی و تخصصی انجام داد و خلاف وی برای وزارت اطلاعات احراز شد.
وزیراطلاعات اعلام کرد که مدارک پرونده موسویان را در اختیار مردم قرار خواهیم داد.
رییس مجلس نیز در اظهارنظری اعلام کرد که فصل الخطاب پرونده موسویان قوه قضاییه است و اگر آنگونه که اعلام شده است، ثابت شود اتهامات مطرح شده علیه وی صحت نداشته، باید خوشحال شویم.
علیرضا جمشیدی سخنگوی دستگاه قضایی در نشست خبری بعدی خود درمورد نحوه برگزاری جلسه دادگاه موسویان، برگزاری علنی یا غیرعلنی دادگاه را بستگی به نظر قاضی پرونده دانست و گفت: در این زمینه نه من و نه سخنگوی دولت نمی توانیم در مورد علنی یا غیرعلنی بودن جلسه دادگاه تعیین تکلیف کنیم.
یک ماه پس از اینکه وزیر اطلاعات اعلام کرد که اعتراض خود را درخصوص پرونده موسویان به دستگاه قضایی اعلام می کنیم در جمع خبرنگاران اظهارکرد، پرونده موسویان را دیگر دنبال نکرده و علت این کار را اعتراض خود دادستان تهران به نظر قاضی عنوان کرد.
بر اساس اظهارات وکیل موسویان، برگه احضاریه موسویان در پایان وقت اداری آخرین روز کاری سال گذشته به وی ابلاغ شد که در آن زمان دادگاه در 10فروردین تعیین گردیده بود و وکلای پرونده در تاریخ هفت فروردین از قاضی پرونده تعویق در برگزاری دادگاه را کردند که این مسئله مورد موافقت قاضی قرار نگرفت.
بالاخره این پرونده جنجالی پس از نزدیک به یکسال بررسی و واکنشهای داخلی و بازتابهای خارجی در 19فرودین ماه جاری به پایان رسید و رییس شعبه 15دادگاه انقلاب با صدور حکمی سید حسین موسویان
عضو ارشد تیم مذاکره کننده سابق هسته ای را به دو سال حبس تعلیقی و پنج سال محرومیت از خدمات دیپلماتیک محکوم کرد.
همچنین دادسرا برای موسویان در مورد اتهام جاسوسی قرار منع تعقیب صادر کرد.
در عین حال وزیر اطلاعات سه شنبه شب در حاشیه جشن ملی فناوری هسته ای درجمع خبرنگاران در پاسخ به این سوال که آیا نظر وزارت اطلاعات در زمینه حکم موسویان تامین شده است؟ گفت: نیازی به تامین نظر وزارت اطلاعات نیست و آنچه دادگاه اعلام کرده مبنا و فصل الخطاب است